Marlino Mubai pesquisa sobre a história de África tendo em mente o papel e o lugar da natureza na vida humana. Publicou um livro, capítulos de livros e artigos científicos sobre a posse da terra e gestão dos recursos naturais em Moçambique, religião, ensino superior e desenvolvimento humano, turismo cultural, ecologia política da guerra e gestão das áreas de conservação da fauna bravia em Moçambique. Actualmente, trabalha em colaboração com ecologistas em projectos de investigação sobre resiliência e adaptação às mudanças climáticas e catástrofes provocadas pelo homem. Também em colaboração com biólogos, Mubai lidera a componente social de um projecto de investigação sobre a restauração de ervas marinhas para a pesca sustentável de moluscos e elaboração de um plano de acção de gestão.