O Departamento de Sociologia tem as suas origens na Unidade de Formação e Investigação em Ciências Sociais (UFICS), criada no início da década de 1990, com o objectivo de promover a formação académica e a investigação na área das ciências sociais na Universidade Eduardo Mondlane. A UFICS recebeu os seus primeiros estudantes em Abril de 1995, nos cursos de Sociologia, Antropologia, Ciência Política e Administração Pública.

Em 2003, no âmbito da reorganização académica da Universidade Eduardo Mondlane, a UFICS integrou-se na antiga Faculdade de Letras, dando origem à actual Faculdade de Letras e Ciências Sociais (FLCS). Foi neste processo de integração que surgiu o Departamento de Sociologia, responsável pela consolidação do ensino, da investigação e da extensão universitária na área da Sociologia.

Ao longo do seu percurso, o Departamento tem vindo a consolidar a sua intervenção no ensino superior, expandindo as suas actividades para além da formação ao nível da licenciatura, através da introdução de programas de pós-graduação, incluindo mestrados e doutoramentos. Deste modo, reafirma o seu compromisso com a formação académica, a investigação científica e a produção de conhecimento sobre as realidades sociais de Moçambique e de outros contextos.