O CAIRIM está sedeado na Fortaleza de São Sebastião, na Ilha de Moçambique, e tem como principal vocação a protecção e investigação do património arqueológico subaquático e terrestre do norte de Moçambique entre outras actividades de investigação, formação e extensão.
As actividades realizadas pelo CAIRIM incluem a investigação de arquivos, monitoria arqueológica subaquática, campanhas arqueológicas subaquáticas, formação de monitores do património cultural, e actividades de laboratório para identificação e conservação, e criação de um acervo digital para o acesso público ao património marítimo de Moçambique.