O Departamento de História tem vindo a desenvolver projectos de pesquisa em colaboração com entidades nacionais e internacionais, destacando-se nos últimos três anos o projecto Zona de Escudo português em parceria com o Banco de Moçambique e o projecto História do desporto em Moçambique em colaboração com o Ministério da Juventude e Desporto. Em 2016 o Departamento organizou um programa de Verão (Summer School) em parceria com a Re:Work, uma instituicao de pesquisa da Universidade de Humboldt, na Alemanha. Este evento contou com a presença de estudantes de doutoramento vindos da Europa, Ásia e América, alguns acompanhados pelos seus supervisors. A nível regional, o Departamento tem um acordo de formação do corpo docente com a Wits University da Africa do Sul.

No que tange à investigação e extensão, o DH está integrado no grupo que está a trabalhar na criação do Museu Samora Machel em parceria com o Ministério da Cultura e Turismo. Para além desta parceria, o pessoal docente do Departamento de História está envolvido em vários projectos de pesquisa englobando temáticas como a história da luta armada de libertação de Moçambique, a história económica de Moçambique, história social e ambiental de Moçambique, história política de Moçambique e África Austral, história da mulher, história dos transportes, das migrações e história cultural de Moçambique.