O Departamento de História (DH) foi criado em 1989, mas o ensino de História na UEM data desde a fundação da Universidade Eduardo Mondlane (ex- Universidade de Lourenço Marques) em 1962. Em 1968 foi introduzido o curso de bacharelato em História e, em 1989 o Curso de Licenciatura em História com a duração de cinco anos. O currículo de licenciatura sofreu adaptações em 1992 e 1993, que consistiram na alteração pontual do posicionamento de algumas disciplinas e numa ligeira redução da carga horária. Em 2004, o DH fez uma reforma curricular que assentou na introdução de um tronco comum e três (3) linhas de opção (História Social, Ensino e Documentação) com uma duração de quatro anos. Em 2009, o Departamento ajustou o curso a um modelo de ensino cada vez mais centrado no estudante e introduziu créditos académicos a luz do Sistema Nacional de Acumulação e Transferência de Créditos Académicos-SNATCA.

Ao longo da sua existência, o Departamento de História formou quadros que contribuíram para o desenvolvimento das ciências sociais e humanas em Moçambique. Entre várias individualidades que passaram pelo Departamento de História constam Luís Covane (ex. Vice-Ministro da Educacão e Reitor da Universidade Nachingweia), Arlindo Chilundo (ex. Vice-Ministro da Educação e Ensino Superior e Governador do Niassa), João Paulo Borges Coelho (Primeiro Catedrático em História de Moçambique e Escritor de renome internacional), Carlos Serra (CEA), Teresa Cruz e Silva (Catedrática Reformada do CEA), Luís de Brito (IESE), Alda Costa (ex. Dir. Cultura UEM); Aurélio Rocha, Lemos (ex-AHM), Ana Loforte (Professora reformada de Antropologia) e Paulino Macaringue (ex. Chefe do Estado Maior General das FDM e embaixador de Moçambique na RSA), só para citar alguns exemplos.

Desde a entrada em funcionamento do primeiro curso de licenciatura oferecido pelo DH, o corpo discente continua a crescer. De um total de 10 estudantes admitidos para o curso de licenciatura em 1989 actualmente são admitidos mais de 70 estudantes por ano. Este crescimento da população estudantil tem sido acompanhado por mudanças na sua composição social e nas suas capacidades técnico-científicas. A nível da pós-graduação, o Departamento tem em média 20 estudantes.

O crescimento do número de estudantes também exigiu maior esforço no recrutamento e formação do corpo docente. O corpo de professores nacionais passou de um conjunto de pessoas com licenciatura para um corpo docente com doutores, mestres formados nas melhores Universidades africanas, europeias e americanas.